1931년에는 바레인팀이 이라크 바스라라는 도시를 방문하여서 이루어진 친선경기가 그 첫번째 국제경기라 할 수 있겠다. 하지만 팀은 알 바스라고교와 영국공군팀에게 패하고 만다. 또한 당 해, 첫 국내챔피언쉽경기가 조직되어 공군 및 회사, 타 기관의 축구팀이 참여하였고 무하라크가 첫 우승을 차지하게 된다.

1958년 바레인 축구협회가 창설되기 전, 초창기 바레인축구는 축구관련 평의회가 설립되어 모든 행정사항들을 처리하였다. 첫번째 그 수장은 하마드 빈 모하메드 이사이며, 1951년과 1952년 리그 및 컵 챔피언쉽 대회를 개최한다. BABCO라는 팀이 첫 리그 챔피언을 차지하게 되고 무하라크가 첫 컵 챔피언쉽을 차지하는 팀이 된다.

1957년, 축구협회는 공식적으로 BFA의 설립을 공포하고 지방 클럽팀들을 위한 토너먼트를 개회한다. 그런과정을 거쳐 1958년 10월11일 BFA가 탄생하게 된다.

FIFA 가입은 1965년 준회원국에서 1968년 정회원국으로 승격되며, 일년 후 AFC 가입을 마친다. 1970년에는 BFA 처음으로 국제대회인 Gulf Cup을 개최하기도 한다.

바레인 축구는 새로운 세기를 맞아 큰 발걸음을 내딛었다. 많은 선수들이 카타르리그에서 뛰고 있으며 2004 아시안컵에서는 준결승에 진출, 전년도 챔피언 일본과 대등한 경기를 펼침으로써 모든 이들을 깜짝 놀라게 하기도 했다.